En medio de una profunda división interna, una facción de la Confederación Nacional de Organizaciones Campesinas, Indígenas y Negras (FENOCIN) cuestionó la legitimidad de Guido Perugachi como presidente de la organización. Leandro Ullón, uno de los detractores, asegura que el congreso que se realizó en noviembre para elegir a la nueva directiva tuvo muchas irregularidades para favorecer a Perugachi que encabezaba una de las listas. «Él no podía ser integrante del congreso, ya que estaba expulsado de la FENOCIN», dijo Ullón, por lo que considera que no hay directiva en la organización. Agregó que otras irregularidades presentadas fue un padrón inflado y cambio del lugar del congreso violando el estatuto de la organización.
Fabián Alcocer, del mismo grupo que desconoce a Perugachi, manifestó que buscan fortalecer la organización por lo que impugnan a la dirigencia en funciones, ya que en las elecciones votaron afiliados a la organización que estaban expulsados por lo que no estaban acreditados para participar en el congreso.
Estos cuestionamientos se dan en momentos en que la dirigencia promovida por Perugachi prepara la revocatoria del mandato del presidente de la República, Daniel Noboa, por incumplimiento del plan de gobierno, por lo que se preparan para la recolección de firmas. Justo cuando la Perugachi anunció que impulsarían esa medida, la primera en desconocerlo como presidente de la organización fue la Secretaría de Gestión y Desarrollo de Pueblos y Nacionalidades (SGDPN), señalando que la organización no cuenta con un directorio actualizado. La Secretaría es una entidad que depende directamente del Ejecutivo y su titular es nombrado por el gobernante de turno, en este caso Noboa.
Patricio Ortiz, de la línea disidente, dijo que la FENOCIN no puede promover ni apoyar una revocatoria ni ninguna actividad política ya que, según la normativa vigente, la organización no puede participar en actividades políticas, ni para impulsar una revocatoria de mandato ni para respaldar al gobierno. Dijo que la actividad de la organización se limita a la defensa de derechos en las calles cuando se presentan vulneraciones, en el marco de lo permitido por la Constitución y la ley. Manifestó que no participarán en actividades relacionadas con procesos electorales, incluyendo elecciones de alcaldes y prefectos, debido a las restricciones legales que tienen.

